Настроить MySQL вы можете сразу же после установки, отметив опцию "Configure the MySQL server now". Откроется окно мастера конфигурации.

По порядку отмечаете опции:

Detailed Configuration

    Developer Machine

    Multifunctional Database

    Decision Support (DSS)/OLAP

    Enable TCP/IP Networking

    Port Number: 3306

    Manual Selected Default Character Set / Collation: cp1251

    Install As Windows Service

    Launch the MySQL Server automatically

    Modify Security Settings
   

Вводите и подтверждаете root-пароль.

Настройка MySQL сервера закончена.

В дальнейшем вы можете изменить настройки либо воспользовавшись ярлыком "MySQL Server Instance Config Wizard" в меню "Пуск", либо с помощью правки файла my.ini из каталога MySQL, либо запустив "MySQL Server Instance Config Wizard" из подкаталога "bin" (файл "MySQLInstanceConfig.exe").